Фамилия Панаидов — редкий случай в русском ономастиконе, где греческое происхождение почти не вызывает споров. Основа фамилии — греческое имя Панаиотис (Παναγιώτης), что означает «всесвятой», эпитет Богородицы. В русской бытовой традиции это имя сократили до Панай, а затем оформили по русской модели с патронимическим суффиксом -ов. Получается: Панаидов — буквально «сын Паная», то есть потомок человека, которого звали греческим именем Панаиотис.

Суффикс -ов указывает, что фамилия сложилась в русской среде, а не пришла готовой из греческого. Если бы носитель остался в Греции, его фамилия звучала бы как Панайотопулос или Панайотакис. Переход в форму Панаидов произошел, скорее всего, в среде греческих переселенцев, которые оказались в России — например, среди купцов, моряков или священнослужителей, приезжавших из южных регионов.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Причерноморью. Встречается в Крыму, на Кубани, в Ростовской области — там, где исторически селились греческие общины. В центральных регионах России фамилия редка, почти не фиксируется в старых боярских списках или переписях крестьян северных губерний. Это косвенно подтверждает версию о позднем появлении фамилии в русском именослове — не ранее XVIII века, когда усилились контакты с греческим духовенством и купечеством.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Панаидо́в, хотя по правилам русской грамматики отчества и фамилии на -ов от греческих имен часто сохраняли ударение основы (сравните: Панайо́тов). Вариант Панаидо́в закрепился, вероятно, под влиянием греческого произношения, где ударение в фамилиях часто подвижно. Встречаются и формы Панайдов, Панайотов — они считаются однокоренными, но Панаидов — самый распространенный вариант в современной России.

Среди известных носителей фамилии преобладают люди искусства и науки, но специальных исторических персоналий, вошедших в энциклопедии, нет. Фамилия осталась в основном в среде потомков греческих переселенцев, сохранивших память о происхождении, но полностью адаптировавшихся к русской культурной среде.