Фамилия Панидов — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, а при ближайшем рассмотрении начинаются споры. Самое простое и очевидное объяснение — от греческого имени Панид (Πανίδης), которое встречается в православных святцах. Тогда фамилия образована по стандартной русской модели: основа Панид- плюс типичный фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Панида). В этом случае носитель фамилии — потомок человека, крещёного именем Панид.

Но есть и другая версия, более редкая и любопытная. В южнорусских и украинских говорах словом «панид» иногда называли панича, барчука — молодого человека из панского сословия. Прозвище Панид мог получить крестьянин, который держался с достоинством, одевался чище других или работал в барском доме. Суффикс -ов в этом случае работает так же: Панидов — «из рода того, кого прозвали Панидом».

Третья версия — топонимическая. На карте есть несколько небольших населённых пунктов с корнем Панид- (например, хутор Панидов в Ростовской области). Выходец из такого места мог получить фамилию по названию деревни. Но эта гипотеза слабее: обычно фамилии на -ов от топонимов образуются реже, чем от имён и прозвищ.

Самая правдоподобная версия — первая, от крестильного имени. Она объясняет и форму, и широкую распространённость модели. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, в среде которых фамилии на -ов закреплялись в XVIII–XIX веках. Сравните с однокоренными: Панидин, Панидский — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами.

Встречается Панидов редко, сосредоточена преимущественно в южных областях России и на Украине. В дореволюционных справочниках и словарях фамилия не упоминается среди известных родов — это говорит о её «народном» происхождении, без связи с аристократией.