Фамилия Панаидова — женская форма фамилии Панаидов, а та, в свою очередь, образована от греческого мужского имени Панаиотис. Это имя в переводе означает «всесвятой» (от греческого pan — «весь» и hagios — «святой»). В русской традиции оно закрепилось в обиходе греческого духовенства и купечества, которые переселялись в Россию с XVII–XVIII веков, особенно из Константинополя и греческих колоний Причерноморья.

Модель образования здесь не совсем типичная для исконно русских фамилий. Суффикс -ов указывает на принадлежность, но в греческих фамилиях он часто становился «русификатором»: к греческой основе добавляли русское окончание, чтобы фамилия вписалась в местную систему. Панаидов — это буквально «сын Панаиота» или «из рода Панаиота». Встречаются и варианты Панаиотов, Панайотов, а также фамилии, образованные напрямую от имени без суффикса — Панаиот, Панайот.

Судя по окончанию -ова, носительница фамилии — женщина. В русской традиции фамилии на -ов/-ев склоняются по падежам, и женская форма не меняет корня: в родительном падеже будет Панаидовой, в дательном — Панаидовой и так далее.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украины — Крыму, Одессе, Ростовской области, где исторически были греческие общины. Встречается она нечасто, что подтверждает её «штучное» происхождение: скорее всего, предок был священником, купцом или моряком, приехавшим из Греции или с Афона. В метрических книгах XIX века можно найти Панаидовых среди мещан и купцов в Таганроге и Мариуполе.

Редкость фамилии и её греческий корень — главная отличительная черта. В отличие от массовых русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Панаидова несёт в себе след прямой этнической миграции и церковной традиции.