Фамилия Панитко звучит как типичная украинская или белорусская фамилия, и это верное направление. Её выдает суффикс -ко, один из самых распространенных в западнорусских и малороссийских землях (современные Украина, Беларусь, юг России). Этот суффикс часто присоединяли к основе, чтобы образовать фамилию-прозвище, и в данном случае основа — Панит.

Здесь есть два основных объяснения. Первое и самое прямое: «панитом» или «панитом» в южных говорах могли называть того, кто панибратски, свысока обращался к людям, или же, наоборот, человека, который любил важничать, «паниться», то есть вести себя как пан. Сравните с украинским «паніти» — становиться паном, зазнаваться. Фамилия могла закрепиться за крестьянином или казаком, который в шутку или за манеры получил такое прозвище.

Вторая версия, более прозаичная, но не менее вероятная: Панит — это форма имени Пантелеймон или Панфил (от греческого «пан» — весь). В украинской и белорусской народной среде имена часто усекали: Пантелеймон превращался в Пана, Панита, Панит. Тогда Панитко — это буквально «маленький Паня» или «сын Панита». Такие фамилии на -ко с личным именем в основе (как Иванко, Павлюк, Грицко) — классика для XVI–XVII веков.

Фамилия не дворянская и не книжная. Она бытовала в среде крестьян, мещан, реестровых казаков. Сейчас её можно встретить на западе и в центре Украины, а также в приграничных областях России (Брянская, Курская, Белгородская), куда переселялись украинцы. В русском языке суффикс -ко часто русифицировали в -ков (Панитков), но исходная форма Панитко сохранилась у тех, кто помнил о своем происхождении.

Версия о связи с польским словом «pan» (господин) тоже возможна, но она слишком очевидна и прямолинейна. Вряд ли предка назвали просто «господином» — скорее, это была ироничная или уменьшительная форма, либо производная от имени. Более убедительно выглядит именно имя собственное Пантелеймон в его народной обработке.