Фамилия Панаэтов — это фонетический вариант более распространённой фамилии Панайотов. Обе они восходят к крестильному имени Панайот (в греческом написании — Панагиот), которое означает «всесвятый». Имя составлено из двух греческих основ: pan — «всё» и hagios — «священный, святой». То есть человек, носивший это имя, считался посвящённым Всевышнему, а его потомки со временем закрепили за собой отчество как родовое прозвание.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе имени добавили притяжательный суффикс -ов, что дало форму «Панайотов» — буквально «сын Панайота». А форма Панаэтов возникла позже, когда безударный гласный в середине слова редуцировался, а сочетание -айо- упростилось до -аэ-. Такое стяжение — естественный процесс живой речи, поэтому обе фамилии следует считать родственными, а не разными по происхождению.

Имя Панайот в православной традиции связано с мучеником Панагиотом Кесарийским, пострадавшим за веру в XVIII веке. Однако у имени есть и более широкая география: оно было популярно не только у греков, но и у болгар, откуда могло попасть в русскую среду вместе с переселенцами или через церковные книги. В русских документах имя фиксировали в разных вариантах — Панайот, Панагиот, Панаит, — что тоже добавляло разнообразия в образование фамилий.

Если сравнивать Панаэтова с однокоренными фамилиями, то круг родственных форм широк: Панайотов, Панаётов, Панагиотов, Панаитов. Все они восходят к одному источнику и различаются лишь степенью фонетического упрощения. Среди них Панаэтов — одна из самых редких и «сжатых» форм, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска: чем необычнее написание, тем легче проследить миграцию конкретной семьи по архивным записям.

Точных сведений о сословной принадлежности первых носителей фамилии нет, но по модели образования можно предположить, что это была фамилия духовного или торгового сословия, где греческие и болгарские имена встречались чаще, чем в крестьянской среде. Впрочем, без конкретных архивных данных это лишь гипотеза, а не утверждение.