Основой фамилии Панаэтов послужило церковное имя Панайот. Фамилия Панаэтов представляет собой фонетический вариант фамилии Панайотов, которая образована от имени Панайот (в другом написании Панагиот). Это имя имеет греческое происхождение и восходит к двум основам: pan - «всё» и hagios — «священный, святой». Таким образом, имя Панайот означает «всесвятый». Святым покровителем этого имени является мученик Панагиот Кесарийский. Имя Панайот нередко встречается также у болгар. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панайот, со временем получил фамилию Панайотов, а затем Панаэтов.