Фамилия Панашкина — женская форма фамилии Панашкин, которая относится к типичным русским фамилиям с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Панашкин буквально означал «сын Панашки» или «человек из рода Панашки». В основе лежит имя или прозвище Панашка.

Панашка — это просторечная, уменьшительная форма крестильного имени Пафнутий (от греческого «пафнутиос» — «принадлежащий к Пафнутию») или, с меньшей вероятностью, Ипатий (греческое «высочайший»). В русской народной среде сложные греческие имена часто упрощались до коротких и привычных форм: Пафнутий превращался в Панаху, Панашку, а потом и в Панашкина. Филолог Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» относит такие образования к группе фамилий от канонических имён, переработанных народной речью.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «панаш» — это укладчик снопов в поле, а «панашка» — работник, помогающий при уборке хлеба. Если корень не от имени, а от этого слова, то прозвище Панашка мог получить крестьянин, занятый обмолотом или скирдованием. В пользу этой версии говорит то, что фамилия чаще встречается в сёлах Курской, Воронежской и Ростовской областей — регионах интенсивного зернового хозяйства.

В дворянских родословных книгах фамилия Панашкин не зафиксирована. Это фамилия крестьянская и мещанская, что подтверждается переписями XIX века: в ревизских сказках Саратовской и Тамбовской губерний Панашкины числятся государственными крестьянами. Сословный потолок здесь низкий, зато географический разброс широкий — от Черноземья до Урала, куда предки переселялись в ходе аграрной колонизации.

У фамилии есть фонетический дублет — Паношкин, который мог возникнуть из-за акающего произношения (о вместо а в безударном слоге) или от другого имени (Паноша от Панкратий). Но Панашкин — более частотный и устойчивый вариант, именно его стоит считать основным.