Фамилия Панферкина — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Панферкин значит «сын (или потомок) Панферки». Но Панферка — это не женское имя, а уменьшительная форма мужского имени Панфер, которое, в свою очередь, является народной, просторечной версией канонического имени Панфил (от греческого «всеми любимый»). Иными словами, Панферкин — это «чей?» — Панферкин, то есть принадлежащий к роду человека по прозвищу или домашнему имени Панферка.

Суффикс -к- в основе (Панфер-к-а) — это типичный для русских говоров уменьшительно-ласкательный или обиходный формант. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где от полных имён активно образовывали краткие формы на -ка: Иванка, Петька, Панферка. Соответственно, фамилия Панферкина могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где паспортные фамилии нередко записывали по отцу: «Иван Панферкин сын», а в документах фиксировали форму, которую сейчас воспринимаем как женскую.

Любопытная деталь: в старых метрических книгах и ревизских сказках можно встретить написание «Панферкинъ» без различия по полу — мужчина мог числиться как Панферкин, а не Панферкин. Это связано с тем, что фамилии на -ин в XVIII–XIX веках не всегда склонялись по роду в официальных записях. Современное окончание -а у Панферкина — результат унификации: женская форма стала восприниматься как основная, а мужская (Панферкин) почти вышла из употребления или сохранилась только у отдельных ветвей.

Если проводить параллели, то фамилия стоит в одном ряду с Панферовым, Панфиловым и Панкратовым — все они восходят к одному корню, но через разные суффиксы. Панферкина — самая «домашняя» из них, указывающая на прозвище, а не на полное имя. Географически фамилия чаще всего встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение: в этих регионах массово закрепляли фамилии по отчеству в форме краткого имени.