Фамилия Панифидников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а искажённое церковное слово. Её ядро — греческое имя Панфил (Πάμφιλος), означающее «всеми любимый» или «вселюб». В бытовой речи имя Панфил нередко произносили как «Панифил» — с перестановкой согласных или под влиянием других просторечных форм. От этого варианта и пошла фамилия.

Модель образования типична для русских фамилий XIX века: суффикс -ник- указывал на принадлежность к определённому роду занятий или на характерный признак. В данном случае «Панифидник» — это человек, носивший прозвище от имени Панифил, а суффикс -ов добавил значение «сын такого-то». Получается цепочка: Панифил → Панифидник (прозвище или отчество) → Панифидников («чей?» — потомок Панифидника).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Панфил было относительно распространено среди крестьян и мещан. В документах XVII–XVIII веков встречаются написания «Панифидников» и «Панифитников» — путаница объясняется тем, что в устной речи глухой «т» перед «н» часто озвончался в «д». Так что «Панифитников» — не ошибка, а фонетический вариант.

Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или однодворцы. Фамилия не дворянская, не купеческая: слишком «просторечная» основа и суффикс -ников, характерный для прозвищ, а не для знатных родов. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Панифидин, Панифилов, Панфилов. Последняя гораздо чаще встречается, но образована от полной формы имени без суффикса -ник.

Итог: Панифидников — фамилия-памятник о том, как греческое имя «всеми любимый» через народную переделку и добавление суффиксов превратилось в редкое русское родовое прозвание. Носитель такой фамилии может с уверенностью сказать, что его предок был назван в честь святого Панфила — и имя это, пусть и в искажённом виде, сохранилось до наших дней.