Фамилия Панафидников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а церковный праздник, да ещё и в необычной, диалектной огласовке. Корень здесь — греческое слово «панафидея» (πανήγυρις), обозначавшее всенощное бдение или торжественное богослужение. В русской народной речи это слово исказилось до «панафида» — так называли поминальную службу, панихиду. Соответственно, прозвище Панафидник могли дать либо пономарю или псаломщику, который постоянно читал заупокойные молитвы, либо человеку, который жил при кладбищенской церкви. Судя по суффиксу -ник-, это именно прозвище по занятию: «тот, кто служит панафиды».

Словообразовательная цепочка проста: от «панафида» образовали «панафидник» (человек, связанный с этим действом), а затем притяжательный суффикс -ов добавил значение «сын Панафидника». Типичная модель для фамилий духовного сословия: как Пономарёв, Дьячков, Тропарёв. Но в отличие от них, Панафидников встречается редко — не в каждом приходе был свой «панафидник», да и само слово в некоторых говорах вытеснялось более привычной «панихидой».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где церковнославянская лексика дольше сохранялась в народной речи. Встречается она в основном в старых метрических книгах Владимирской, Костромской и Вологодской губерний — то есть в зоне, где было много монастырских и погостных приходов. Есть и вариант написания через «о»: Панофидников, но он ещё реже.

Любопытная деталь: в некоторых говорах «панафидником» в насмешку называли не только церковнослужителя, но и плаксу, любителя причитать по любому поводу. Однако вряд ли эта версия основная — для фамилии куда логичнее профессиональное происхождение, ведь прозвища от должностей давали чаще, чем от бытовых черт характера. Таким образом, Панафидников — это фамилия-профессиограмма, указывающая на предка, чья жизнь была неразрывно связана с заупокойными службами и кладбищенским обиходом.