Фамилия Панафидины — редкий пример русского именования искусственного происхождения, которое обязано своим появлением не прозвищу или ремеслу, а церковной службе и просторечному произношению. Вопреки ожиданиям, в её основе лежит не личное имя и не географическое название, а слово «панафида» — искажённая в народной речи «панихида». Такую фамилию обычно получали низшие церковные служители, имевшие отношение к отпеванию умерших: пономари, дьячки, псаломщики. Прямое подтверждение этому находим в рязанском акте 1646 года, где упомянут «Ивашко Никонов сын, пономарь, прозвище Панафидин».

История фамилии прослеживается заметно раньше XVII века. В труде С. Б. Веселовского зафиксированы: Панафидины, 1540 год, Тверь; Буслав Ильич Панафидин, 1550 год, Новгород; Воин Иванович Панафидин, 1594 год, Новгород; Гаврила Васильевич Панафидин из Волхова, 1614 год. Эти ранние упоминания разбросаны по разным городам, что говорит о достаточно широком бытовании фамилии уже в XVI столетии, хотя и в небольшом количестве.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно фамилии от нарицательных существительных образуются с суффиксом -ов: от «роза» — Розов, хотя по правилам русского языка этот суффикс присоединяется к словам мужского рода. В случае с «панафидой» мы видим иной путь: основа женского рода на -а, к которой добавили суффикс -ин, что грамматически корректно (сравните: «Мария» — Марьин). Однако здесь произошло сращение с самой основой: «панафид» + «ин», что и дало конечную форму Панафидин. Это типичный пример того, как живая речь перекраивает книжное слово, а фамилия закрепляет результат.

Существует и версия о связи рода Панафидиных с дворянством. Род внесён в родословные книги Саратовского и Тверского дворянства. Кроме того, по распространённому мнению, предками писателя Валентина Пикуля были дворяне Панафидины, владевшие землями в Ржевском и Старицком уездах Тверской губернии. Если это так, то перед нами любопытный социальный парадокс: фамилия, рождённая в церковной среде, со временем закрепилась за дворянским родом, который, вероятно, вёл своё начало от выходцев из духовенства, сумевших подняться по социальной лестнице.

Среди известных носителей фамилии — Михаил Панафидин, начальник Санкт-Петербургской городской верфи при Павле I и Александре I; Иван Павлович Панафидин, контр-адмирал (1869 год); Михаил Тимофеевич Панафидин (умер в 1876 году), академик архитектуры. Эти люди принадлежали уже к образованным слоям общества, что лишний раз подтверждает: фамилия, начинавшаяся как прозвище пономаря, не стала препятствием для карьеры и почёта.

Панафидины — редкий случай, когда фамилия сохранила в себе следы живого народного произношения церковного термина. Она не просто идентифицирует род, а хранит память о том, как звучала русская речь несколько веков назад и как слово из богослужебной практики перекочевало в повседневный обиход, а затем и в официальные документы.