Фамилия Панафиденко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. На востоке и в центре Украины этот суффикс означал «сын» или «потомок» (как русское -ович или польское -ич). То есть носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Панафида.

Корень фамилии — Панафид(а) — неочевиден и требует разбора. Самая правдоподобная версия: перед нами народная, разговорная форма канонического имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»). В украинской и южнорусской традиции это имя сокращали и переделывали до неузнаваемости: Пантелей, Панатей, Панафий. От такой формы Панафий и возникло ласкательное или уменьшительное Панафида — как, например, от имени Иван получается Иванида. Затем к основе Панафид- добавили типичный украинский фамильный суффикс -енко.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с греческим словом «панафидея» — так назывались празднества в честь богини Афины. Однако для крестьянской Украины XVIII–XIX веков, где и закрепилась фамилия, такая книжная этимология маловероятна. Православное имя Пантелеймон было широко распространено, а его просторечные варианты — обычное дело.

Фамилия Панафиденко почти не встречается за пределами Украины. По данным современных справочников, её концентрация заметна в центральных и северных областях — на Черкасщине, Полтавщине, в Киевской области. В России фамилия редкая, чаще всего её принесли переселенцы или мигранты XX века.

Сословно носители фамилии — почти наверняка казаки или крестьяне. Украинские фамилии на -енко в массе своей закрепились в среде реестрового казачества и свободных сельских общин, где не было крепостного права. Потому Панафиденко — не дворянская и не мещанская, а «народная» фамилия, указывающая на происхождение от конкретного предка по имени Панафида (Пантелеймон).