Фамилия Панафидин звучит почти как книжное слово, но на деле корни у нее простые и даже немного печальные. В её основе лежит просторечное искажение слова «панихида» — «панафида». Так в народе называли заупокойную церковную службу, и прозвище Панафида, а затем и фамилию, чаще всего получали низшие церковские служители, которые имели отношение к отпеванию усопших — пономари, дьячки, сторожа при храме.

Прямое подтверждение этой версии находим в рязанских актах 1646 года, где упомянут «Ивашко Никонов сын, пономарь, прозвище Панафидин». Человек, носивший такое прозвище при жизни, фактически был известен окружающим по своей должности, что и закрепилось в фамилии его потомков. Однако история рода не ограничивается одним регионом. В труде С. Б. Веселовского записаны более ранние упоминания: Панафидины встречаются в Твери в 1540 году, в Новгороде — Буслав Ильич Панафидин (1550 г.) и Воин Иванович Панафидин (1594 г.), а также Гаврила Васильевич Панафидин из Волхова (1614 г.). Такая география говорит о том, что фамилия была распространена довольно широко и не являлась случайным единичным прозвищем.

Интересно, что, несмотря на «церковное» происхождение, род Панафидиных сумел подняться по социальной лестнице. Представители фамилии были внесены в родословные книги дворянства Саратовской и Тверской губерний. Существует также версия, что предками писателя Валентина Пикуля были именно дворяне Панафидины, владевшие землями в Ржевском и Старицком уездах Тверской губернии. Эта гипотеза выглядит правдоподобной, учитывая тверские корни фамилии, зафиксированные ещё в XVI веке.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: прозвище Панафида + притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Панафиды». Любопытно, что по правилам русского языка суффикс -ов обычно присоединяется к словам мужского рода, а -ин — к словам женского рода и к основам на -а/-я. Поскольку исходное слово «панафида» женского рода, фамилия закономерно получила форму Панафидин, а не Панафидов. Для сравнения: от нарицательного «роза» возникла фамилия Розов, а не Розин, что как раз является исключением из этого правила.

Среди известных носителей фамилии — Михаил Панафидин, начальник Санкт-Петербургской городской верфи при Павле I и Александре I; Иван Павлович Панафидин, контр-адмирал (1869 г.); Михаил Тимофеевич Панафидин (ум. в 1876 г.), академик архитектуры. Как видно, потомки пономарей и церковнослужителей со временем заняли видное положение в обществе, став военными, инженерами и деятелями искусства.