Фамилия Понафидин — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — крестильное имя Афид (производное от греческого имени Афид, означающего «неутомимый» или «неустанный»). К нему добавился приставка «по-», которая в русских фамилиях обычно указывает на отношение к кому-то через отчество или прозвище: «сын того, кто звался Афидой» или «происходящий от Афида». Суффикс «-ин» типичен для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ на -а/-я: Понафидин — «чей?» — «сын Понафиды».

Имя Афид в святцах встречается, но редко, поэтому фамилия не получила широкого распространения. В быту имя могло трансформироваться: Афида, Поафида, а затем Понафида — так появилась фамилия. Вариант с написанием «Понафедин» или «Понафидный» встречается в документах, но основная форма закрепилась с буквой «фита» (Ф), что указывает на книжное, церковное происхождение.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — в переписях XIX века носители встречаются в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. Это были, скорее всего, крестьяне или мещане, чьи предки получили фамилию по отцу, носившему редкое церковное имя. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые образовывались от имён на согласный (Иван — Иванов), модель с «-ин» здесь естественна: Понафида — Понафидин.

Спорных версий немного: иногда пытаются связать фамилию с греческим «афид» (в значении «неустанный»), что семантически верно, но не меняет сути. Другие гипотезы, например, от слова «панафида» (церковная служба), маловероятны — фамилии от названий обрядов крайне редки и обычно имеют другую морфологию. Так что Понафидин — это отчество от редкого крестильного имени, которое сохранилось в фамилии как память о предке-церковнослужителе или набожном крестьянине.