Фамилия Понафидина — женская форма, мужской вариант — Понафидин. В основе фамилии лежит редкое имя или прозвище Понафид, которое, скорее всего, является народной переделкой канонического имени Анастасий (в бытовом произношении XIX века — Анастас, Анафид). Имя Анастасий в переводе с греческого означает «воскресший», но в русской среде оно быстро обрастало уменьшительными и искажёнными формами. Понафид — один из таких вариантов, где начальное «По-» могло появиться под влиянием диалектного произношения или как приставка, указывающая на отношение к кому-то (например, «по Анафиду» — сын или человек, связанный с Анафидом). Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к диалектному слову «понафида» — так в некоторых говорах называли человека, который «понафидился», то есть привередничал или капризничал, но это значение не зафиксировано в словарях как устойчивое.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Понафидин — «сын Понафида» или «человек из рода Понафида». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и северным регионам России, где чаще встречались патронимы на -ин от имён, не вошедших в святцы. В отличие от фамилий на -ов, которые были массовыми, Понафидина сохраняет локальный оттенок и может указывать на происхождение из крестьянской или мещанской среды, где церковные имена переиначивали на свой лад.

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых боярских или дворянских списках — это говорит о её простонародном происхождении. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а само имя Понафид могло быть дано ребёнку в честь деда или как «охранительное» имя, чтобы обмануть нечистую силу (считалось, что необычное имя отводит беду). В современном русском языке фамилия остаётся крайне редкой, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска — каждый носитель, вероятно, принадлежит к небольшому числу родственных линий.