Фамилия Панафидина хранит память о прозвище дальнего предка — Панафида. Это прозвище — просторечное искажение церковного слова «панихида», заупокойной службы. Такое прозвище в старину закреплялось за низшими церковнослужителями — пономарями, дьячками, — которые участвовали в отпевании усопших. Прямое подтверждение этому находим в рязанском акте 1646 года, где упомянут «Ивашко Никонов сын, пономарь, прозвище Панафида».

Следы фамилии уходят глубже. С. Веселовский в своих ономастических разысканиях зафиксировал Панафидиных в Твери уже в 1540 году. В Новгороде в 1550 году жил Буслав Ильич Панафидин, а в 1594-м — Воин Иванович Панафидин. В 1614 году упоминается Гаврила Васильевич Панафидин из Волхова. Эти ранние записи говорят о том, что фамилия сложилась как минимум к середине XVI века, причем в разных, удаленных друг от друга землях — от Новгорода до Твери.

Формант -ин в фамилии указывает на принадлежность: Панафидин — сын Панафиды. Здесь любопытна параллель с фамилией Розов: от слова «роза» возникла форма с суффиксом -ов, хотя по правилам он присоединяется к основам мужского рода. В случае с Панафидиным всё наоборот: прозвище Панафида, хотя и звучит по-женски, принадлежало мужчине, и суффикс -ин закрепился именно за этой формой. Так язык обошел грамматическую ловушку.

Часть Панафидиных относилась к дворянству. Род внесен в родословные книги Саратовского и Тверского дворянства. Существует версия, что предками писателя Валентина Пикуля были именно тверские дворяне Панафидины, владевшие землями в Ржевском и Старицком уездах. Среди известных носителей фамилии — Михаил Панафидин, начальник Санкт-Петербургской городской верфи при Павле I и Александре I; Иван Павлович Панафидин, контр-адмирал (1869 год); Михаил Тимофеевич Панафидин (умер в 1876 году), академик архитектуры.

Фамилия прошла путь от скромного церковного прозвища до дворянских гербов и адмиральских эполет. Но формирование русских фамилий шло медленно и неравномерно, поэтому точно датировать возникновение рода Панафидиных можно лишь по итогам серьезных генеалогических изысканий.