Фамилия Панафидко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель может скрывать за собой редкое или диалектное имя. Её основа — Панафид — почти не встречается в современных документах, и это делает фамилию особенно интересной для этимолога.

Ключ к разгадке — в суффиксе -ко. В украинской ономастике этот суффикс выполнял роль уменьшительно-ласкательного или патронимического (указывал на происхождение от отца: «сын такого-то»). Таким образом, Панафидко — это «сын Панафида» или просто «маленький Панафид». Само же имя Панафид — это, скорее всего, народная, разговорная форма крестильного имени Панфил или Памфил. В греческом языке Памфилос (Πάμφιλος) означало «всеми любимый», «дорогой всем». В просторечии имя подверглось перестройке: отпал конечный -л, а начальное Пам- через стадию Пан- превратилось в Пана- (под влиянием таких имён, как Панасий, Панагис). Так появился Панафид, а от него — и фамилия.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде украинского крестьянства или казачества, где патронимические прозвища на -ко были особенно распространены. Географически она тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинцы. Встречаются и варианты написания: Панафиденко, Панафидюк — они образованы по той же модели, но с другими суффиксами, что подтверждает единый корень.

Интересно, что фамилия Панафидко избежала русификации: её не «переделали» в Панафидкова или Панафидов. Это говорит о том, что носители сохраняли отчётливое украинское самосознание и не стремились адаптировать фамилию под великорусские стандарты. В современных базах данных фамилия встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый известный носитель — часть небольшой, но устойчивой родовой ветви.