Фамилия Панифидина — женская форма от Панифидин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Панифида. Это довольно редкая модель, и чтобы понять её корни, стоит отвлечься от привычных отчеств на -ов/-ев. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — Панифидин, то есть сын или потомок Панифиды.

Самая вероятная основа — греческое имя Панфидий или Памфил (Πάμφιλος — «всеми любимый»). В русской народной среде такие имена нередко искажались, упрощались. Панфидий мог превратиться в Панифиду через перестановку звуков (метатезу) или замену «л» на «н» под влиянием диалектного произношения. Второй вариант — связь с просторечным именем Панифил, которое тоже восходит к тому же греческому корню. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «панифида» — так в некоторых говорах называли панихиду, церковную службу. В таком случае прозвище мог получить человек, как-то связанный с церковным обиходом, например пономарь или псаломщик.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где было распространено имя Панфидий. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью исходного имени. Носители фамилии Панифидина, скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени деда или отца в XIX веке, когда фамилии массово закреплялись за податными сословиями. В дворянской среде такая форма нехарактерна.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Панифидин, который иногда путают с Панифидиным из-за схожести суффиксов. Но -ин однозначно указывает на притяжательность, тогда как -ов мог бы указывать на топонимическую основу. Здесь же основа — личное имя, что подтверждает антропонимическую природу фамилии.