Фамилия Панихидины — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, связано не с внешностью или ремеслом, а с церковным обиходом. Исходное слово — «панихида», заупокойная служба. В народе даже сложилась поговорка: «Пошел в попы, так служи и панихиды». Отсюда и главная версия: фамилия родилась в среде священнослужителей, а точнее — среди низших церковных служителей, причастных к отпеванию усопших.

Любопытно, что прямой основой фамилии послужило не само слово «панихида», а его искажённая форма — «панафида». В церковной среде существовала должность панафидина — человека, который имел отношение к заупокойным службам. Именно это прозвище, Панафидин, и закрепилось за предком, а со временем трансформировалось в более привычное на слух Панихидин.

Документальное подтверждение у этой версии есть. В рязанских актах за 1646 год упомянут пономарь Ивашко Никонов сын по прозвищу Панафидин. Это одна из ранних фиксаций однокоренного прозвища, которая показывает, что уже в XVII веке слово бытовало в церковной среде именно как личное именование. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Панихидин — это «сын Панафидина» или «человек из рода Панафидиных».

Точное место и время возникновения фамилии в её современном написании назвать сложно: фамилии в крестьянской и духовной среде закреплялись постепенно, на протяжении нескольких поколений. Но сама словообразовательная цепочка прозрачна: церковная должность — прозвище — фамилия. И в этом смысле фамилия Панихидины — не просто наследственное имя, а маленький след в истории русской церковной жизни XVII века.