Панихидой называется церковная служба по усопшим. В народе говорили: «Пошел в попы, так служи и панихиды». Таким образом, вероятнее всего, фамилия Панихидин родилась в среде священнослужителей. Для низших служителей церкви, имевшим отношение к отпеванию умерших, даже существовала специальная должность – панафидин (это слово представляет собой искажённую форму слова «панихида»). Вероятно, прозвище Панафидин и легло в основу фамилии Панихидин. В документах об однокоренных фамилиях и прозвищах впервые упоминается в XVII веке. Так, в одном из рязанских актов за 1646 год указан пономарь Ивашко Никонов сын по прозвище Панафидин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Панафидин, со временем получил фамилию Панихидин.