Фамилия Панихидин с первого взгляда звучит мрачновато, но на деле она связана не со смертью, а с вполне конкретной церковной должностью. В основе лежит слово «панихида» — заупокойная служба. В народе говорили: «Пошел в попы, так служи и панихиды», и эта поговорка точно отражает суть происхождения фамилии.

Родилась она в среде священнослужителей, но не высшего духовенства, а низших церковных служителей. Для тех, кто имел отношение к отпеванию умерших, существовала специальная должность — панафидин. Это слово — искажённая форма от «панихида», так в народной речи переделали церковный термин. Именно прозвище Панафидин, данное человеку по его службе, и легло в основу фамилии Панихидин.

Письменные источники фиксируют однокоренные прозвища и фамилии с XVII века. В рязанских актах за 1646 год упомянут пономарь Ивашко Никонов сын по прозвищу Панафидин. Пономарь — это причетник, помощник священника при богослужении, и его роль в отпевании усопших была самой непосредственной: он прислуживал при панихидах, готовил кадило, подавал свечи. Прозвище закрепилось за ним как профессиональное, а позже перешло к потомкам уже в форме фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для церковной среды: к основе «панихид» добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность роду. Такой суффикс чаще встречается в фамилиях, образованных от прозвищ с конечным -а или -я, и здесь он работает безупречно: Панихидин — «сын Панафидина». Ударение при этом сместилось, и современная форма фамилии звучит иначе, чем исходное прозвище, но родство очевидно.

Есть и другая, менее вероятная версия, которая связывает фамилию с личным именем Панихид, но она не подкреплена источниками. Документальное упоминание пономаря Ивашки Панафидина делает версию о происхождении от должности основной. Фамилия осталась редкой, и это объяснимо: она не вышла за пределы церковного круга, а в советское время такие фамилии часто меняли или сокращали.