Фамилия Панихидина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не черта характера, а церковный обряд. Панихида — заупокойное богослужение, и прозвище Панихида могли дать человеку, имевшему прямое отношение к этой службе: либо пономарю или дьячку, который читал молитвы за упокой, либо певчему на клиросе, участвовавшему в панихидах. В народе такое прозвище иногда закреплялось и за тем, кто имел привычку часто заказывать панихиды по умершим родственникам или, в ироничном ключе, за мрачным, скорбным человеком.

Фамилия образована по стандартной русской модели: от основы Панихид- с помощью притяжательного суффикса -ин, указывающего на принадлежность «чей?» — сын Панихиды. Окончание -а — женский вариант фамилии, который в русской традиции получила женщина (дочь или жена Панихидина). Мужская форма — Панихидин.

Слово «панихида» пришло в русский язык из греческого (παννυχίς — «всенощное бдение»), но в православной практике закрепилось именно за заупокойной службой. Прозвище Панихида фиксируется в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Новгородской земли встречаются крестьяне с таким прозванием. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде духовенства или церковнослужителей, но нередко переходила и к крестьянам, работавшим при храме.

Географически фамилия Панихидина тяготеет к центральным и северным регионам России — там, где церковная жизнь была плотно вплетена в быт. В современных справочниках она встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, связанных с приходскими храмами.

Стоит различать фамилию Панихидин и однокоренную Панихидников — последняя образована суффиксом -ник, указывающим на профессию (тот, кто служит панихиды), в то время как Панихидин — прямое прозвище по действию или обряду.