Фамилия Панихидкина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а церковный обряд. Корень здесь — «панихида», заупокойное богослужение. Суффикс -к- (Панихид-к-а) указывает на то, что прозвище дали человеку по действию или устойчивой связи с этим обрядом: «панихидка» — так в народе могли называть женщину, которая постоянно заказывала панихиды, пела на отпеваниях или, что вероятнее, служила при церкви, помогая в проведении заупокойных служб. Фамилия образована по притяжательной модели: Панихидкина — «чьи?» — дочь или жена Панихидкина (носителя прозвища Панихидка).

В русской ономастике фамилии на -ин/-ын традиционно образовывались от основ на -а/-я. Мужской вариант — Панихидкин — встречается крайне редко и фиксируется в основном в старообрядческих и северных регионах, где церковные прозвища бытовали дольше. В отличие от фамилий вроде Попов или Дьячков, где корень указывает на сан, Панихидкина отсылает не к статусу, а к конкретному занятию или бытовой примете. Возможно, предок был церковным служкой, звонарём или просто богомольным человеком, чья страсть к заупокойным молитвам закрепилась в прозвище.

Встречается и другая, менее правдоподобная версия: связь с диалектным словом «панихида» в значении «суета, хлопоты» (от глагола «панихидить» — суетиться). Но в говорах такое употребление не зафиксировано в устойчивой форме прозвища, а церковное значение для фамилии — первично и очевидно.

Поскольку фамилия редкая, точных данных о её географии и сословной принадлежности мало. Однако по модели образования (суффикс -ин, основа нарицательная, не от канонического имени) её можно отнести к поздним русским фамилиям, возникшим не ранее XVII–XVIII веков, когда прозвища, данные по церковным реалиям, начали закрепляться за семьями духовенства и крестьян. Скорее всего, носительницы фамилии Панихидкина происходят из среды сельских прихожан или низшего клира — тех, кто был тесно связан с церковным обиходом, но не имел сана.