Фамилия Паночкина — женская форма фамилии Паночкин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом, а он не так прост, как кажется на первый взгляд.

Скорее всего, в основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Паночка. В русских говорах «паночка» — это уменьшительно-ласкательное обращение к девушке или женщине (от «паня», «пани»), но с ироничным или покровительственным оттенком. Так могли назвать изнеженную, капризную или, наоборот, слишком нарядную и важную девочку. В некоторых областях «паночкой» называли также куклу или бабочку-крапивницу, так что прозвище могло относиться к человеку хрупкому, яркому или легкомысленному.

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Панфил (разговорное Паня, Паночка) или от греческого Панагиот (через форму Паночка как уменьшительное от Панаг). Однако в этом случае логичнее было бы ожидать фамилию Панагин или Панафидин, поэтому прозвищный вариант выглядит убедительнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Паночкин буквально означало «сын Паночки» или «человек из семьи Паночки». Это типичная модель для фамилий, образованных от слов женского рода или прозвищ на -а/-я.

Фамилия не относится к числу распространённых дворянских или купеческих — скорее, она крестьянская или мещанская. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где были сильны малороссийские и польские влияния (слово «пан» там в ходу). В письменных источниках XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались в переписных книгах Курской, Орловской и Воронежской губерний.

Редкий суффикс -очк- в основе (Паночка, а не просто Паня) говорит о том, что прозвище было именно ласкательным, а не официальным именем. Это отличает фамилию от однокоренных Панин, Панов — те образованы напрямую от «пан» без уменьшительного суффикса.