Фамилия Паночкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Паночкин послужило церковное имя Павел. Фамилия Паночкин образована от имени Паночка — производной формы имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Также не исключено, что имя Паночка является просторечным вариантом имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Паночка, со временем получил фамилию Паночкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Паночкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Паночкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.