Фамилия Паночкин образована от имени Паночка — производной формы имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Также не исключено, что имя Паночка является просторечным вариантом имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Паночка, со временем получил фамилию Паночкин.