Фамилия Паночина — женская форма, а её мужской вариант — Паночин. Эта фамилия образована по типичной для русского севера и Поволжья модели: с помощью суффикса -ин, который присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. То есть в основе лежит прозвище или имя Паноча.

Что такое «Паноча»? Скорее всего, это некалендарное имя, образованное от прилагательного «паной» или «пановатый». В северных говорах (архангельских, вологодских, вятских) «паной» — это «важный», «гордый», «спесивый». Человека, который держался с достоинством или, наоборот, любил покрасоваться, могли прозвать Паночей. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ча (от «паной») даёт имя-прозвище, которое и легло в основу фамилии.

Версия о связи с именем Панкратий (Панкрат → Паня → Паноча) менее вероятна: от Панкратия чаще образовывали Панкратов, Панкрашин, Панютин. А вот прозвищный след с архаичным корнем «пан» (от «пан» — господин, барин, но в северном произношении с аканьем) выглядит правдоподобнее. В русских говорах «пан» — не только поляк, но и боярин, помещик, а также человек, который «пануется», то есть важничает.

Географически фамилия Паночин (и Паночина) тяготеет к северо-востоку: её фиксировали в Вятской губернии, в Пермском крае, а также в Костромской области. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение из узкого круга прозвищ.

Социальный контекст: если предок был прозван Паночей, он мог быть крестьянином, но с заметной чертой характера — гордецом или зажиточным хозяином, которого односельчане с лёгкой иронией называли «паном». Фамилия недворянская, не искусственная, а бытовая, возникшая естественным путём в среде, где прозвище быстро закреплялось за потомками.

Итог: Паночина — фамилия, которая говорит о характере предка. Её корень — «паной» (гордый, важный), а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Паночин, то есть сын или дочь того самого Паночи.