Фамилия Паночишин — один из редких примеров, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Окончание -ишин (вариант -ишин, -ихин) характерно для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских и вятских земель. Это так называемый «патроним на -ич», который в русском языке закрепился в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Паночишин, то есть сын Паночиши.

Основа фамилии — Паночиша. Это не полное имя, а форма, образованная от имени Паноча или Паночка. В свою очередь, Паноча — это производное от канонического имени Панфил (греч. «всеми любимый») или, что вероятнее, от Пантелеймон (греч. «всемилостивый»). В народной речи эти имена сокращались до Пана, Паноша, Паночка, а затем к ним добавлялся суффикс -ищ(а), который в данном случае не увеличительный (как в «домище»), а скорее прозвищный или фамильярный. То есть Паночиша — это «большой Паня» или просто «Паня» в ласкательно-шутливой форме.

Итак, цепочка: Панфил или Пантелеймон → Паноча (уменьшительное) → Паночиша (прозвище) → Паночишин (потомок Паночиши).

Версия с украинским или белорусским корнем (от «паноч» — панок, молодой пан) маловероятна: суффикс -ишин для западнославянских фамилий нехарактерен, там были бы формы вроде Паночко или Паноченко. А вот в русских говорах, особенно на Вятке и в Пермском крае, фамилии на -ишин встречаются часто, и Паночишин могла возникнуть именно там.

Прозвище Паночиша могло закрепиться за человеком, которого в деревне звали «Паночишей» — возможно, за его медлительность или, наоборот, за привычку командовать (с оттенком иронии). Но основная версия — это всё же отчество, указывающее на имя отца. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из северных или центральных губерний России, а сама фамилия сложилась не раньше XVII века, когда патронимы на -ич стали массово превращаться в наследственные фамилии.