По одной из них, эта фамилия образована от прозвища Панок, которое восходит к нарицательному «пан». Поэтому возможно, что это прозвище указывало на этническую принадлежность предка. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Паноченко лежит имя Панок – уменьшительная форма имен Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»). Наконец, не исключено, что существовало неканоническое имя Панок, образованное от слова «пан», употреблявшегося в северно-русских говорах в значениях «разновидность семги», «белый гриб». Подобные природные имена не были редкими у славян. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Панок, со временем получил фамилию Паноченко.