Фамилия Панусина — женская форма фамилии Панусин, а её основа, скорее всего, связана с прозвищем или именем Пануся. Чтобы понять происхождение, разберём словообразовательную цепочку.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: Панусин буквально означал «сын Пануси» или «человек из дома Пануси». Само имя Пануся — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Пантелеймон (в народе — Пантелей, Пантюша) или от имени Панфил (через Паня, Панюша). Оба имени пришли на Русь с крещением: Пантелеймон в переводе с греческого — «всемилостивый», Панфил — «всеми любимый». В быту церковные имена сокращали до коротких и домашних форм, и Пануся — один из таких вариантов, характерный для южнорусских и украинских говоров.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В диалектах слово «пануся» могло быть прозвищем для человека, который держался важно, «по-пански», или же для того, кто работал у пана. Однако в пользу имени говорит то, что фамилия Панусин (и Панусина) встречается в основном в регионах, где было сильное украинское и белорусское влияние, — например, в Курской, Воронежской областях, а также на юге России. Там форма Пануся как производное от Пантелеймон звучала естественно.

Фамилия не относится к числу древних дворянских — она крестьянская или мещанская по происхождению. Её носители, скорее всего, были простыми людьми, которых в документах записывали по отцу: «Иван Панусин» — значит, его отца звали Пануся. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о локальном бытовании в одном-двух уездах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Панухин, Панютин, Пантелеев, — то Панусина стоит ближе к уменьшительным формам, характерным для семейного обихода, а не для официального именования. Это подчёркивает её «домашнее» происхождение: фамилия закрепилась не из метрической книги, а из повседневного прозвища, которое дали предку в деревне.