Фамилия Паныгина — женская форма фамилии Паныгин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Основа фамилии — «Паныг-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Паныгин буквально означал «сын Паныги» или «человек из рода Паныги». Сама же основа восходит к прозвищу или мирскому имени Паныга.

Что такое «Паныга»? Скорее всего, это производное от канонического имени Павел или Пантелеймон. В русской народной традиции имена часто усекали и переделывали: Павел превращался в Паву, Пашу, а Пантелеймон — в Паню, Панюшу, Паныгу. Суффикс «-ыга» в таких прозвищах (сравните: Микита — Микыга, Петр — Петрыга) придавал оттенок просторечия и даже некоторой фамильярности. Так Паныгой могли назвать невысокого, коренастого человека или просто того, кто носил одно из этих имён.

Есть и другая, менее распространённая версия: Паныга могло быть прозвищем, связанным с диалектным словом «паныга» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неповоротливого человека. Но эта гипотеза слабее: в ономастических словарях (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) примеры с таким значением единичны, а связь с личным именем — типичный и частый случай для фамилий на «-ин».

Географически фамилия Паныгин (и Паныгина) встречается в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Костромской, Архангельской областях. Это зона, где суффикс «-ин» преобладает над «-ов», и где мирские имена и прозвища долго держались в обиходе. Сословно предки Паныгиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии такого типа редко встречаются у дворянства, которое чаще носило фамилии на «-ский» или «-ов» с книжными основами.

Таким образом, Паныгина — фамилия, которая прямо говорит о предке: его звали Паныга, и он был человеком простого звания, жившим в северной или центральной России. Фамилия не редкая, но и не массовая, и её звучание сохраняет отголосок народной речи XVII–XVIII веков.