Фамилия Панюшкина образована от мужского крестильного имени Панкратий, которое в переводе с древнегреческого pankratos означает «сильнее всех». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Панюшка. Такая модель типична для русских фамилий: сначала уменьшительное имя закрепилось за человеком в быту, а затем перешло к его потомкам.

Скорее всего, основатель рода Панюшкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В среде простого люда редко использовали полные церковные имена, предпочитая короткие и привычные формы вроде Панюшки. Поэтому фамилия с таким суффиксом указывает на демократичное происхождение, а не на дворянские корни.

Существует и другая гипотеза, менее распространённая. Согласно ей, фамилия образована от прозвища Панюшка, которое восходит к нарицательному «пан». Панами в старину называли потомков поляков, переселенных вглубь дореволюционной России во время войн с Польшей. Не исключено, что прозвище Панюшка имело ироническое значение: так могли дразнить человека, который пытался казаться важнее, чем был на самом деле, или того, кто носил одежду, напоминающую панскую.

Первая версия выглядит правдоподобнее, поскольку имя Панкратий было широко распространено на Руси, а его производные формы встречаются в разных регионах. Прозвище от «пана» имело бы более узкую географию и было бы связано с конкретными историческими обстоятельствами.

Так или иначе, потомок человека, обладающего именем или прозвищем Панюшка, со временем получил фамилию Панюшкина. Ударение в ней падает на второй слог, что характерно для фамилий, образованных от уменьшительных имён с суффиксом -ушк-.