Мужское крестильное имя Панкратий в переводе с древнегреческого pankratos означает «сильнее всех». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Панюшка. Скорее всего, основатель рода Панюшкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от прозвища Панюшка, которое восходит к нарицательному «пан». Панами в старину называли потомков поляков, переселенных вглубь дореволюционной России во время войн с Польшей. Не исключено, что прозвище Панюшка имело ироническое значение. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панюшка, со временем получил фамилию Панюшкина.