Фамилия Панюшкин — это классический пример русской фамилии, образованной от уменьшительной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Панюшка, которое в старину служило домашним, обиходным вариантом сразу для нескольких канонических имён. Чаще всего так в быту называли Пантелеймона (в переводе с греческого — «всемилостивый»), Панкратия (от древнегреческого pankratos — «сильнее всех») или Панфила (что означает «всеми любимый»). Все три имени были распространены на Руси после Крещения, а их сокращённые формы легко смешивались в народной речи, поэтому точно сказать, какое именно имя носил самый первый Панюшка, сегодня невозможно.

Модель образования фамилии проста и показательна для XVI–XVII веков. К основе Панюш- добавили суффикс принадлежности -ин, который указывал на родство: Панюшкин изначально означало «сын Панюшки», «ребёнок Панюшки». Такой тип фамилий историк Б. Унбегаун относил к древнейшему пласту русских родовых именований, возникших в среде крестьянства и посадских людей. В отличие от дворянских фамилий на -ский, подобные «патронимические» прозвания складывались стихийно, без участия официальных структур, и закреплялись за семьёй естественным путём.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а имя Панюшка бытовало повсеместно — от северных деревень до южных губерний. Однако сам факт, что фамилия сохранилась в народной среде, говорит о её древних корнях. Любопытно, что однокоренные фамилии Панюков, Панюхин и Панин образованы от тех же основ, но с разными суффиксами, что показывает, как один и тот же корень давал жизнь целому семейству родовых именований.

Сегодня фамилия Панюшкин встречается в центральной России и Поволжье, хотя в XIX веке её носители были рассеяны по всей стране. Несмотря на кажущуюся простоту, она сохранила память о древних именах, которые почти вышли из употребления, и остаётся живым памятником славянской письменности и культуры.