Фамилия Панюшкин образована от уменьшительной формы Панюшка, которой в быту называли носителей сразу нескольких крестильных имён: Пантелеймон, Панкратий и Панфил. С греческого Пантелеймон переводится как «всемилостивый», Панкратий — «сильнее всех», а Панфил — «всеми любимый». Все три имени в древности были распространены на Руси, и все три давали одинаковые просторечные сокращения: Паня, Панюша, Панюшка. Поэтому точно сказать, какое именно имя носил родоначальник, уже невозможно — но это и не так важно, поскольку смысл фамилии от этого не меняется: она указывает на потомка человека по имени Панюшка.

Сама модель образования типична для русских фамилий: к основе Панюшк- добавили суффикс -ин, который обозначает принадлежность. То есть Панюшкин буквально значит «сын Панюшки», «ребёнок Панюшки». Такие фамилии закрепились в XV–XVII веках, когда в среде крестьян и посадских людей вместо отчества с -ов/-ев всё чаще использовали форму с -ин, особенно если имя отца оканчивалось на согласный или на -а/-я. Панюшка как раз даёт естественное сочетание, потому и фамилия звучит мягко и по-домашнему.

Интересно, что у этой фамилии есть несколько однокоренных родственников: Панюхин, Панютин, Панин, Панкратов. Они тоже происходят от тех же имён, но через другие уменьшительные формы. Если Панюшкин сохранил в основе именно ласкательный вариант с суффиксом -ушк-, то, например, Панин — от более короткого Пани, а Панкратов — от полной формы имени. Такое разнообразие показывает, насколько гибким был русский именослов: одно и то же имя давало десятки производных, и каждая ветвь рода закрепляла свой вариант.

Географически фамилия не привязана к одной местности, но чаще встречается в центральных и северных регионах России, где были сильны традиции просторечных имён. В документах XVII века Панюшкины упоминаются среди крестьян и служилых людей, однако из-за распространённости основы нельзя утверждать, что все они происходят из одного рода. Скорее всего, фамилия возникала независимо в разных семьях, и это ещё раз подтверждает её народное, а не книжное происхождение.

В написании фамилия устойчива: ударение падает на первый слог, Панюшкин. Вариант с двумя «н» — Паннюшкин — встречается редко и, как правило, является следствием ошибки в документах. Сама фамилия звучит по-русски тепло и немного старомодно, что неудивительно: за ней стоит трёхвековая история простых людей, которые носили имена, означавшие милость, силу и всеобщую любовь.