Фамилия Панюшин — это классический пример русской «сыновьей» фамилии, то есть она отвечает на вопрос «чей ты?» и буквально означает «сын Панюши». В основе лежит Панюша — старинная уменьшительная форма крестильного имени Павел. Само имя Павел пришло из латыни, где «paulus» значит «маленький», и попало в русский обиход через церковную традицию вместе с почитанием апостола Павла.

Словообразовательная модель здесь простая и очень распространённая: к уменьшительному имени добавили суффикс -ин, который в русском языке закрепился за основами, оканчивающимися на гласную или мягкий согласный. Так от Панюши и получился Панюшин. Интересно, что это же имя породило целое гнездо родственных фамилий: Панов, Панин, Пашков, Пашин, Павлюков. Но Панюшин стоит в этом ряду особняком, потому что сохранил именно ту форму имени, которая в современном быту уже почти исчезла.

Покровителем имени считается апостол Павел, человек с драматичной судьбой: гонитель христиан, он пережил встречу с воскресшим Иисусом Христом, после чего обратился и стал одним из самых деятельных проповедников новой веры. Для человека XVIII–XIX веков это был важный контекст: называя сына Павлом или домашним Панюшей, родители отдавали его под защиту этого строгого и сильного святого.

Стоит заметить, что форма Панюша не единственная в этом ряду. В старых документах встречаются и Паня, и Панюта, и Панюха — все они тоже производные от Павла. Но именно вариант с суффиксом -юш- звучит особенно ласково, по-домашнему, и, вероятно, отражает живую речь северных и центральных русских говоров, где любили такие мягкие, «теплые» уменьшительные формы.

Говорить о каком-то конкретном сословии или ремесле предков Панюшиных не приходится — фамилия не указывает на профессию. Она говорит лишь о том, что её первый носитель был сыном человека по имени Панюша, а тот, в свою очередь, носил имя в честь апостола. Такие фамилии на -ин чаще всего встречались среди крестьян и посадских людей, но могли возникнуть и в среде духовенства, где имена библейских персонажей были особенно в чести.