Фамилия Панюшева образована от имени Панюшо — окающей формы имени Панюша. Эта окающая форма — важная деталь: она указывает на северное или среднерусское происхождение основателя рода, ведь именно в этих говорах «о» произносили четко, а не редуцировали до «а». Само имя Панюша — просторечный, бытовой вариант крестильного имени Павел (в переводе с латинского «маленький»). Однако не менее вероятна связь с греческими именами на «Пан-», которых немало: Панайот («всесвятой»), Панкрат («всемогущий»), Пантелеймон («всемилостивый»), Панфил («всеми любимый»). Каждое из них в народной речи могло сократиться до ласкового Панюши.

Скорее всего, основатель рода Панюшевых был человеком из простого сословия. Уменьшительные формы имен в основе фамилии — верный признак того, что предки не принадлежали к дворянству, а были крестьянами, ремесленниками или посадскими людьми. Фамилию закрепили за потомками по обычной для XVI–XVII веков модели: сын Панюши становился Панюшевым, а его дети уже наследовали это прозвание как родовое.

Существует и другая версия происхождения фамилии Панюшев — от прозвища Панюша, которое связано с нарицательным «пан». Панами в старину называли потомков поляков, переселенных в глубь дореволюционной России во время войн с Польшей. Иногда панами называли также тех, кто важничает, держится с достоинством или подражает польским обычаям. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком не по национальности, а по манере поведения. Версия с именем выглядит правдоподобнее: она опирается на широкую распространенность уменьшительных форм от крестильных имен, тогда как прозвищная гипотеза требует допущения, что прозвище Панюша возникло от «пан» с уменьшительным суффиксом, что встречается реже.

Сведения о представителях фамилии Панюшевы содержатся в некоторых архивных документах. Так, например, в Книге памяти Самарской области есть запись о шофере Панюшеве Гаврииле Андреевиче (родился в 1888 году в Рязанской губернии). Из документов Саратовской области известен Панюшев Григорий Парамонович, родившийся в 1886 году в Нижне-Волжском крае, Лысогорском районе, в селе Большие Копены. Обе записи показательны: они связывают фамилию с Рязанской губернией и Поволжьем. Рязанщина — зона окающих говоров, что косвенно подтверждает первую версию происхождения от имени Панюшо. А переселение в Самарскую и Саратовскую губернии типично для крестьян XIX века, искавших земли на востоке империи.