Фамилия Панюшенко — это классический пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко, который означает «сын» или «потомок». Если разложить фамилию на составляющие, то в основе лежит имя или прозвище Панюша, а суффикс указывает на родство: Панюшенко — буквально «сын Панюши». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине, и по сей день фамилии на -енко остаются визитной карточкой украинской ономастики.

Спор о происхождении самого имени Панюша имеет две основные версии. Первая, наиболее вероятная, связывает его с крестильным именем Павел. В просторечии имя Павел давало множество уменьшительных форм: Паша, Павлуша, Паня, и Панюша — одна из них. Латинское происхождение имени Paulus переводится как «маленький», «незначительный», что было типичным для христианских имен, подчеркивающих смирение. Однако здесь есть нюанс: форма Панюша могла возникнуть и от греческих имен, начинающихся на «Пан-». В эту группу попадают Панайот («всесвятой»), Панкрат («всемогущий»), Пантелеймон («всемилостивый») и Панфил («всеми любимый»). В народной среде такие длинные имена не приживались, их сокращали до первого слога, поэтому Панюша вполне мог быть уменьшительным от любого из них.

Вторая версия происхождения фамилии отходит от церковных календарей и обращается к бытовым прозвищам. Панюшей могли прозвать человека, имевшего отношение к слову «пан». В историческом контексте панами на Руси называли потомков поляков, которых переселяли вглубь страны во время войн с Речью Посполитой. Однако прозвище могло закрепиться и за местным жителем, который вел себя гордо, богато одевался или обладал властью — то есть вел себя «паном». В этом случае фамилия указывала не на национальность, а на социальный облик или характер предка.

В архивных записях фамилия встречается с XIX века. Например, в Книге памяти Ставропольского края упоминается украинец Панюшенко Федосей Захарович, родившийся в 1875 году в селе Покотилово Киевской губернии. Эта запись показательна: она связывает фамилию с исконно украинской территорией и подтверждает, что носители фамилии активно мигрировали на южные окраины Российской империи в период аграрного переселения. Федосей Захарович — типичный крестьянин-переселенец, и его судьба отражает массовые перемещения населения, благодаря которым фамилия распространилась далеко за пределы первоначального ареала.