Фамилия Панюшова образована от имени Панюша — уменьшительной формы крестильного имени Пантелеймон или Панфил. Если с Пантелеймоном всё более-менее ясно (греческое «всемилостивый»), то с Панфилом сложнее: это имя восходит к греческому «панфилос» — «всеми любимый». В народе оба имени сокращали до Паня, откуда и пошла форма Панюша с ласкательным суффиксом -юш-.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: основа Панюш- плюс суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — Панюшов). Женская форма Панюшова — это не отдельная фамилия, а грамматическое изменение по роду, закрепившееся в документах.

В отличие от более частых Пантелеевых или Панфиловых, Панюшовы встречаются реже. Фамилия бытует в основном в центральных и северных областях России: в Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях её фиксировали переписи XIX века. Там имя Панюша было в ходу среди крестьян, и фамилия, скорее всего, пошла от отца или деда, которого в быту звали именно так, а не полным именем.

Интересно, что в некоторых говорах «панюша» могло быть и прозвищем — так называли неряшливого или нерасторопного человека. Но для данной фамилии эта версия менее вероятна: ономасты (например, в работах по русским фамилиям) связывают Панюшу именно с каноническими именами, а не с диалектной лексикой. Прозвищное происхождение не исключено, но в этом случае фамилия была бы единичной, а не родовой.

Написание фамилии устойчивое: через «ю» после «н». Вариант с «о» (Паношова) встречается крайне редко и, скорее всего, является ошибкой писаря или результатом акающего произношения.