Фамилия Панюшки — одна из тех, что ставит в тупик при первом взгляде. Кажется, что перед нами что-то уменьшительное или даже шутливое, но на деле всё проще и прозаичнее, чем кажется. В основе фамилии лежит имя Паня, которое в русской народной традиции было не самостоятельным, а сокращённой формой от канонического имени Пантелеймон. В быту Пантелеймонов называли Паней, Панюшей, Панютой, и именно от этой обиходной формы через патронимический суффикс -к- (как в Ваня — Ванька) возникло имя Панюшка. А от него, в свою очередь, по самой распространённой модели образовалась фамилия на -ин: Панюшкин, то есть «сын Панюшки». Но почему в окончании стоит -и, а не -ин? Здесь кроется ключевая особенность.

Фамилия Панюшки — это не стандартная форма на -ов/-ев или -ин, а так называемая «окаменевшая» форма родительного падежа множественного числа. В русском языке фамилии на -их, -ых (например, Седых, Долгих) указывают на принадлежность к целому роду: «из дома Панюшкиных». Со временем окончание могло редуцироваться, и в некоторых говорах, особенно в северных и центральных регионах, фамилии типа Панюшкин превращались в Панюшки, воспринимаясь как неизменяемая форма. Таким образом, Панюшки — это не столько фамилия конкретного человека, сколько указание на его родовую принадлежность: «он из Панюшек», то есть из семьи, где родоначальника звали Панюшка.

Географически такая модель чаще всего встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской и Ярославской областях, где фамилии на -их/-ых были особенно распространены. Встречается также вариант Панюшкин, который более привычен для южных и центральных губерний. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описываются как характерные для северорусского ареала, где фамилии часто застывали в форме родительного падежа. Так что предки носителей фамилии Панюшки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных земель, а их дальний предок носил простое и ласковое имя Панюшка — уменьшительное от Пантелеймон, что в переводе с греческого означает «всемилостивый».