Фамилия Папандина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, но по сути перед нами типичная «матрешка» от мужского прозвища. Её ядро — имя или прозвище Папанда. В русском языке суффикс -ин (-ын) указывает на принадлежность: «чей?» — Папандин, то есть сын или потомок Папанды. Женское окончание -а в фамилии Папандина — не родовой признак (как, например, у Иванова — Иванова), а, скорее всего, историческая запись в метрике или переписи, где женщина значилась как «вдова Папандина» или «дочь Папандина», и форма закрепилась.

Само слово Папанда — тёмное. В говорах русского севера и Поволжья «папанда» могло означать неуклюжего, медлительного или рассеянного человека. Сравните с диалектным «папать» — хватать, мять, а также с «папушка» (дедушка, отец) в южных говорах. Но есть и более прозаичная версия: Папанда — это переоформленное тюркское имя или прозвище, например, от «баба» (отец, дед) с характерным для тюркских языков аффиксом -нда, который даёт значение «имеющий отца», «отцовский». В Поволжье, где русские и тюркские фамилии веками соседствовали, такой гибрид не редкость.

Морфология здесь простая, но показательна: суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на -а, то есть прозвище было склоняемым, как имя собственное. Фамилия Папандина встречается в основном в единичных записях по Центральной России и Уралу — это не массовый вариант, а локальный, что подтверждает её происхождение от конкретного прозвища, а не от распространённого канонического имени.

Если сравнивать с однокоренными, то Папанов и Папанюкин — от разных суффиксов ( -ов, -юк), а Папандина стоит особняком: здесь нет уменьшительного оттенка, характерного для -ин от имён на -а (как Фомин от Фома). Скорее всего, предок носителя этой фамилии получил прозвище Папанда за какую-то бытовую черту — медлительность или, наоборот, за привычку всё хватать, «папать». Точно сказать, кем он был по сословию, невозможно: фамилия на -ин могла возникнуть и в крестьянской, и в мещанской среде, но география указывает скорее на сельское происхождение.