Фамилия Пападин — редкий случай, когда греческое происхождение почти не вызывает споров, но вот с ударением и трактовкой окончания есть нюансы. В основе лежит греческое слово «папас» (πάπας) — «священник» или «отец». Суффикс -ин в русском языке обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «пападин», то есть «сын попа» или «принадлежащий попу». Однако в самой Греции аналог этой фамилии выглядел бы как Пападис или Пападопулос, а форма Пападин — это уже результат адаптации к русской или украинской словообразовательной модели.

Ключевая особенность — окончание -ин. В русских фамилиях оно типично для притяжательных прилагательных (Иванов сын → Иванов, попов сын → Попов). Но в фамилии Пападин это окончание могло прирасти к греческой основе уже на славянской почве. То есть носитель фамилии — не обязательно грек по отцу, а скорее потомок греческого священника (или человека по прозвищу Папа), который получил «русифицированное» окончание. Второй вариант: фамилия могла возникнуть в среде греческих переселенцев, живших в Приазовье или на юге России, где греческие фамилии нередко обрусевали.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украины, а также к греческим диаспорам. В дореволюционных списках она встречается в Таврической, Екатеринославской губерниях и в Крыму. Связь с духовенством здесь необязательна: «папа» могло быть прозвищем уважаемого старца, отца семейства или просто человека с бородой и строгим нравом. Но если выбирать между прозвищем и прямым указанием на священнический сан, вторая версия правдоподобнее — греческое «папас» в южнорусских говорах часто употребляли именно как «поп».

В отличие от фамилий Попов, Попадьин или Попович, Пападин сохраняет греческий корень без перевода. Это делает её маркером этнического происхождения: предки носителя, скорее всего, были греками, перешедшими на русский язык в быту, но сохранившими фамильное самоназвание.