Фамилия Папенфот — редкий пример немецкого по происхождению прозвища, которое закрепилось в русском языке без перевода и почти без искажения. В отличие от многих заимствованных фамилий, которые адаптировались под русские суффиксы (-ов, -ин), Папенфот сохранила исходную немецкую форму. Это сразу указывает на то, что её носители, скорее всего, были выходцами из немецкоязычных земель и долгое время сохраняли обособленность, возможно, в среде колонистов.

Основа фамилии составная и прозрачная для немецкого уха. Первая часть Pap(p) — диалектное или детское обозначение отца, папы (ср. нем. Papa). Вторая часть Fot — вариант слова Fott или Fotze, которое в грубом нижненемецком и средневерхненемецком означало женский половой орган. Таким образом, буквальное значение — «отцово влагалище», то есть грубое, почти обсценное прозвище. В средневековой немецкой ономастике такие составные прозвища с телесной или скатологической лексикой не были редкостью: они давались за характер, манеру поведения или внешность, а не как прямое оскорбление. Человек по прозвищу Pappenfot мог быть сварливым, крикливым, либо, наоборот, его так дразнили в насмешку.

В Россию фамилия попала, вероятнее всего, с волной немецких переселенцев при Екатерине II в конце XVIII века. Немцы-колонисты селились в Поволжье, Причерноморье, а позже — в Закавказье. Носители фамилии Папенфот и сегодня встречаются в основном среди потомков российских немцев, рассеянных после депортаций 1941 года по Сибири, Казахстану и Уралу. В дореволюционных метрических книгах лютеранских приходов Поволжья фамилия фиксировалась в написании Papenphoth или Papenfoth, что подтверждает её немецкую графику.

Словообразовательная модель проста: это чистое прозвище без суффикса. В немецкой традиции такие фамилии называются Rufnamen или Übernamen — они не указывают на профессию или место жительства, а характеризуют самого первого носителя. Аналог среди русских фамилий — например, Голодранец или Широкорот, но с той разницей, что русские фамилии такого типа обычно русифицировались суффиксами, а немецкая осталась в исходном виде.

Встречается также вариант написания «Папенфот» с ударением на последний слог, что типично для немецких фамилий, усвоенных русским языком. Родственных фамилий в русском контексте нет, но в немецком есть однокоренные: Papenfuß (буквально «папина нога»), Papenmeier — все они построены по той же модели «определение + тело или свойство».