Фамилия Папоротная — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а название растения. Папоротник, несмотря на свою древность и распространённость в русских лесах, крайне редко становился источником фамилий. Эта фамилия почти наверняка женская по форме: окончание -ая указывает на принадлежность к типу прилагательных, которые в старой русской традиции склонялись по родам. Мужской вариант — Папоротный.

Самая прямая версия происхождения — прозвище или деревенское «уличное» имя человека, жившего в папоротниковых зарослях, на папоротниковом болоте или лугу. В говорах папоротник называли и «папорот», и «папорть», и даже «папороток». Человека могли прозвать Папоротным по месту жительства: «живущий у папоротника». Со временем это прозвище закрепилось за детьми как фамилия.

Вторая, менее очевидная версия — профессиональная. Папоротник на Руси использовали не только как лекарственное растение, но и как корм для скота (в некоторых регионах его запаривали), а также как подстилку. Собиратель папоротника, знахарь, применявший его, или даже пастух, чьи стада паслись на папоротниковых полянах, мог получить прозвание Папоротный. Однако эта версия слабее: для профессиональных прозвищ обычно брали более хозяйственно важные растения — лён, коноплю, крапиву.

Фамилия Папоротная встречается в основном в южных и центральных областях России — в Курской, Белгородской, Воронежской, а также на Украине. Это не случайно: в чернозёмной полосе папоротник растёт особенно буйно, и такие «травяные» прозвища были там более уместны, чем на севере, где лесные папоротники встречаются реже и мельче.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского крестьянского ономастикона: суффикс -н- превращает существительное в прилагательное, а окончание -ый/-ая делает его фамилией. По сословной принадлежности это почти наверняка крестьянская фамилия, возникшая в среде, где людей различали не по отчеству, а по характерной примете — будь то место, внешность или связь с растением.