Фамилия Пасагин — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку, не имея однозначного и очевидного корня. С первого взгляда она кажется образованной по стандартной русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Пасагин — это сын или потомок человека по прозвищу Пасага. Но что такое «Пасага»?

Самая правдоподобная версия отсылает к южнорусским или украинским говорам. В них слово «пасага» могло быть вариантом «пасажир» (пассажир) или же обозначать проезжего человека, странника. Однако есть и более конкретное значение: в некоторых диалектах «пасагой» называли пастуха, который перегонял скот, то есть человека, находящегося в пути. Таким образом, прозвище Пасага мог получить либо пришлый, не местный человек, либо тот, кто постоянно кочевал по делам — от пастуха до мелкого торговца-коробейника.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с тюркскими языками. Корень «пас-» мог быть связан с тюркским словом «бас» (голова, глава) или «пас» (защита, охрана). В таком случае Пасага — это адаптированное на русской почве тюркское прозвище, которое могло дать начало фамилии в среде служилых людей или казачества, где такие контакты были часты. Однако для уверенного утверждения этой версии не хватает прямых аналогий в фамилиях, например, Пасаев или Пасанов, которые встречаются чаще.

Фамилия Пасагин редкая и не имеет ярко выраженного географического центра, что подтверждает её прозвищное, а не топонимическое происхождение. Встречается она разрозненно, что характерно для фамилий, возникших из индивидуального прозвища, а не из названия целой деревни. Сословной привязки у неё нет: Пасагины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — прозвище могло закрепиться в любой среде. Интересно, что фамилия сохранила архаичное окончание -ин при основе на «а», что типично для северных и центральных областей России, где не было «аканья» в сильной позиции, и слово произносилось чётко через «а».