Фамилия Папагин, наиболее вероятно, образована от имени Папага, которое представляет собой производную форму старинного крестильного имени Папа. Это имя, в переводе с греческого означающее «отец, священник», бытовало также в формах Паппа, Папий и Паппий. По другой версии, в основе фамилии Папагин лежит не личное имя, а прозвище Папага, образованное от русского слова «папа» в значении «отец». Такое прозвище могли дать главе многочисленного семейства, многодетному отцу или же особенно заботливому родителю. Таким образом, потомок человека, которого звали Папага, со временем получил фамилию Папагин.