Фамилия Папагин ведет свое начало от личного имени предка. Фамилия Папагин, наиболее вероятно, образована от имени Папага, которое представляет собой производную форму старинного крестильного имени Папа. Это имя, в переводе с греческого означающее «отец, священник», бытовало также в формах Паппа, Папий и Паппий. По другой версии, в основе фамилии Папагин лежит не личное имя, а прозвище Папага, образованное от русского слова «папа» в значении «отец». Такое прозвище могли дать главе многочисленного семейства, многодетному отцу или же особенно заботливому родителю. Таким образом, потомок человека, которого звали Папага, со временем получил фамилию Папагин. Безусловно, фамилия Папагин представляет собой замечательный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Папагин можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.