Фамилия Папагин, а в современном употреблении чаще Папагины, хранит память о прозвище или имени далекого предка. Разбирая её по косточкам, мы видим суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Папагин буквально означает «сын Папаги», «ребёнок того, кого звали Папага». Основа здесь — имя или прозвище Папага, и именно вокруг него строится главная интрига.

Наиболее вероятная версия выводит Папагу из старинного крестильного имени Папа. Это имя пришло из греческого языка, где означало «отец» или «священник», и бытовало на Руси в нескольких формах: Паппа, Папий, Паппий. Папага в этом ряду — ласкательная, производная форма, которую могли использовать в быту, не обращаясь к полному церковному имени. Такая модель типична: от канонического имени образовывали домашний вариант, а уже от него — фамилию.

Есть и вторая, более житейская трактовка. Слово «папа» в значении «отец» знакомо каждому, и прозвище Папага вполне могли дать не по святцам, а по роли в семье. Так могли окликнуть главу большого рода, многодетного отца или человека, известного особой заботой о детях. Прозвища такого рода — не редкость: они закреплялись за человеком при жизни, а после его смерти переходили к потомкам уже как фамилия. В этом случае Папагины — потомки того самого заботливого отца, чья любовь к детям оказалась увековечена в родовом имени.

Обе версии не противоречат друг другу: и имя Папа, и прозвище от «папы» могли существовать параллельно в разных семьях. Но первая выглядит убедительнее: имена с корнем «пап-» встречались в святцах, и фамилии от них — например, Папин, Папков — известны. Прозвищный вариант, хоть и возможен, опирается на более позднее и бытовое слово, которое реже становилось основой для фамилии.

Что касается географии, точной привязки к одной местности у фамилии нет. Формирование каждой отдельной ветви Папагиных могло идти своим путём и в разное время: где-то фамилия закрепилась в XVII веке, где-то — позже, и не обязательно в одном уезде. Поэтому говорить о точном месте и времени её появления можно только после глубоких генеаленических изысканий с привлечением архивных документов. Сама же фамилия — добротный памятник славянской культуры, где переплелись церковная традиция и народное слово.