Фамилия Пашутцкий — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Её суффикс -цк- (в варианте -цкий) указывает на типично польское или западнорусское (шляхетское или мещанское) происхождение. Такие фамилии обычно образовывали от названий местностей. В польской ономастике суффикс -cki/-cki присоединяли к топонимам, оканчивающимся на -y, -ów, -owo, -ino, а также к личным именам и прозвищам.

Корень Пашут- почти наверняка восходит к имени Павел в его просторечной, диалектной форме Пашута. Это уменьшительно-ласкательный вариант, аналогичный Пашуня, Пашуля. В белорусских и украинских говорах форма Пашута встречалась как самостоятельное имя или прозвище. Таким образом, Пашутцкий — это «тот, кто родом из владения Пашуты» или «сын Пашуты». Модель типична: от личного имени Пашута через притяжательное прилагательное (Пашутин) и топонимический суффикс -цк- возникла фамилия, обозначавшая выходца из села, названного по имени первого владельца или основателя.

Вторая, менее вероятная версия связывает корень с глаголом пахать (пашу). В этом случае Пашута могло быть прозвищем пахаря, земледельца. Однако для прозвища с таким значением в польской и восточнославянской традиции обычно использовали другие суффиксы (Пахарь, Орач), а форма на -ута скорее характерна для личных имен (Махута, Гришута, Данута). Поэтому версия с именем Павел выглядит убедительнее.

Географически фамилия Пашутцкий, судя по встречаемости, тяготеет к западу современной Беларуси и востоку Польши — территориям бывшего Великого княжества Литовского, где польская фамильная модель на -цкий была распространена среди православной и католической шляхты, а также мещан. Встречается она и в России, но как результат миграций.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Пашу́тцкий. Написание с двойным «т» (Пашуттцкий) ошибочно — в польских фамилиях на -cki удвоение нехарактерно, а в русской передаче одна буква «т» отражает этимологию (корень Пашут- + суффикс -цк-).