Фамилия Пасункин — один из тех случаев, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, в ней слышится что-то связанное с «пасти» или «пастух», но при ближайшем рассмотрении версия оказывается не самой убедительной.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Пасункин — это «сын Пасунка». А вот что такое «Пасунок»? В русских говорах и ономастике это слово не фиксируется как самостоятельное имя или прозвище с широким хождением. Скорее всего, перед нами результат стяжения или диалектного искажения более длинной формы. Самая вероятная версия: Пасунок — это вариант прозвища или имени Пасуня, которое, в свою очередь, могло быть уменьшительным от канонического имени Пафнутий (разговорная форма Пахнутий, Пахом, отсюда же и Пашута, Пася). В таком случае Пасункин — это «внук» или «потомок» человека по имени Пасунок, а корень уходит в греческое имя, означавшее «широкий, толстый».

Есть и другая, более приземлённая гипотеза. В некоторых южнорусских и украинских говорах «пасунок» могли называть человека, который «пасётся» — то есть ленивого, нерадивого, любящего праздно шататься. Однако эта версия спорна: суффикс -унок в русских прозвищах встречается редко, обычно для таких характеристик использовали -ун (пастун, брехун). Поэтому лингвистически надёжнее считать Пасункиных потомками носителя древнерусского нецерковного имени Пасунок, восходящего к Пафнутию.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от имени, а не от диалектного слова. В дореволюционных переписях Пасункины чаще всего числились среди крестьян или мещан, без привязки к какому-то одному ремеслу — что типично для фамилий, образованных от личного прозвища или имени.