Фамилия Патрунова — женская форма фамилии Патрунов, и её происхождение напрямую связано с именем или прозвищем, от которого образована мужская основа. Сама фамилия Патрунов относится к типичным русским фамилиям с патронимическим суффиксом -ов, что указывает на принадлежность к предку: «чей?» — Патрунов, то есть сын или потомок Патруна.

Ключ к разгадке — в основе «Патрун». Самая вероятная версия: это форма крестильного имени Патрикий (в просторечии Патрей, Патрун). Имя Патрикий в святцах связано со святым Патрикием, но на русской почве оно не было широко распространено, поэтому часто переосмысливалось и сокращалось. Уменьшительная форма Патрун могла возникнуть естественным путём: Патрикий → Патруша → Патрун, по аналогии с другими именами (Иван — Иван — Иванун, Пётр — Петрун). В говорах встречались и самостоятельные прозвища Патрун, которые могли дать человеку за какую-то особенность — например, за медлительность или «патлатость» (от «патлы» — космы, волосы), но это менее убедительно, так как имя Патрикий даёт прямую и логичную цепочку.

С географической точки зрения фамилия Патруновы (и, соответственно, Патрунова) наиболее характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вологодской, Архангельской и Костромской губерний. В этих краях старые нецерковные имена и прозвища на -ун (как Патрун, Говорун, Молчун) сохранялись дольше, чем в южных регионах. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы из Русского Севера принесли свой говор.

По сословной принадлежности Патруновы чаще всего были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение от обиходной формы имени. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Патруновых в Тотемском и Устюжском уездах.

Таким образом, если вы носите фамилию Патрунова, ваш предок, скорее всего, звался Патруном — сокращением от церковного имени Патрикий. Это имя сегодня редкость, но оно дало жизнь целому ряду фамилий, включая Патрикеевых и Патрушевых, с которыми Патруновы состоят в отдалённом «родстве» по корню.