Фамилия Патрунин образована от имени Патруня. Это не полное имя, а уменьшительная форма, которую в старину использовали в домашнем, бытовом общении. За этим коротким звучанием скрываются сразу два возможных источника — имена Патрикий и Пётр.

Имя Патрикий ведёт родословную к латинскому patricius, что значит «благородный, патриций». В Древнем Риме патрициями называли потомков первых сенаторов и родовой знати, поэтому имя несло отпечаток аристократизма. Вторая версия — имя Пётр, пришедшее из древнегреческого языка, где petros означает «камень». Оба имени были широко распространены на Руси после крещения, а их уменьшительные формы легко смешивались в народной речи: Патруня звучало одинаково естественно и для Патрикия, и для Петра.

Словообразовательная модель здесь проста и показательна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Патрунин — это «сын Патруни», то есть потомок человека, носившего это уменьшительное имя. Такие фамилии закреплялись в русских семьях с XV–XVII веков, когда отчества на -ин и -ов постепенно превращались в наследственные родовые прозвания. Форма на -ин чаще встречалась на севере и в центральных областях России, что позволяет предположить северное или среднерусское происхождение фамилии.

Важная деталь: фамилия Патрунин не связана ни с каким ремеслом или прозвищем. Её основа — личное имя, а не занятие предка. Поэтому носитель фамилии в XVI–XVII веках мог быть и крестьянином, и посадским человеком, и служилым — имя само по себе не указывает на сословие. Зато оно говорит о набожности семьи: и Патрикий, и Пётр — имена святых, почитаемых православной церковью.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма Патруня не получила такого широкого хождения, как, например, Петруня или Патрей. Она осталась локальной, закрепившись в отдельных родах. Однокоренные варианты — Патрушев, Патрухин, Патрин — встречаются чаще, но все они восходят к тому же кругу имён. Если искать аналоги в ономастике, фамилия Патрунин стоит в одном ряду с такими же «именными» фамилиями, где уменьшительная форма стала основой родового имени.

Сегодня фамилия Патрунин сохраняется в основном в России, но точную географию её расселения проследить сложно — переписей по фамилиям не велось. Можно лишь утверждать, что она не относится к числу распространённых, и это делает её особенно ценной для семейной истории: каждый носитель, скорее всего, связан с одним или несколькими компактными родами, а не с огромной «фамильной массой».