Фамилия Петрунин образована от просторечной формы Петруня крестильного имени Пётр. В переводе с греческого это имя означает «камень», «скала». Так что предки носителей фамилии носили имя, которое символизировало твёрдость и надёжность, а в быту звучало проще и теплее — Петруня.

Такая форма имени возникла в народной среде, где полное церковное имя часто заменяли ласковыми или обиходными вариантами. Подобных производных от Петра в русском языке было множество: Петруха, Петраш, Петрище, Петрушка. Фамилии от них встречаются повсеместно — Петрухин, Петрашов, Петрищев, Петрушин. Петрунин стоит в этом ряду, но с одним отличием: суффикс -ин указывает на принадлежность конкретному человеку, то есть «сын Петруни» или «человек из семьи Петруни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Само имя Пётр пришло на Русь вместе с христианством и быстро стало одним из самых распространённых. Его носили апостолы, святые, цари и простые крестьяне. Поэтому фамилия Петрунин не привязана к какому-то одному региону или сословию. Её могли получить и в северных деревнях, и в центральных губерниях, и в казачьих станицах — везде, где жили люди, звавшиеся Петруней.

Интересно, что в старину имя Петруня могло быть не только уменьшительным, но и самостоятельным прозвищем. Так могли назвать человека упрямого, «каменного» характером, или, наоборот, того, кто славился крепким здоровьем. Впрочем, для большинства случаев надёжнее держаться основной версии: фамилия просто фиксирует имя отца или деда.

В документах фамилия Петрунин встречается с XVII века, когда началось массовое закрепление наследственных прозваний. Среди носителей были крестьяне, мещане, духовенство. Позже, в XIX–XX веках, фамилия распространилась по всей стране, и сегодня её можно встретить в разных областях России, а также среди русскоязычных общин за рубежом.

Если говорить о морфологии, то основа Петрун- восходит к имени Петр, а суффикс -ин добавляет значение принадлежности. Ударение, как правило, падает на второй слог — Петру́нин, хотя в некоторых говорах допустимо и Петруни́н. Эта деталь лишний раз показывает, насколько живой и подвижной была народная традиция именования.