Фамилия Петруненко отвечает на вопрос «чей ты?» и буквально означает «сын Петруни». В основе лежит не само имя Пётр, а его производная, разговорная форма Петруня, которая в старину была распространена в крестьянской и мещанской среде. Само же имя Пётр пришло из греческого языка и переводится как «камень, скала» — так Иисус назвал апостола Симона, одного из своих ближайших учеников.

Суффикс -енко — типичный украинский маркер, который в XV–XVII веках формировал фамилии на землях современной Украины и в южнорусских областях. Первоначально такие формы указывали на отчество: Петруненко — это Петрунин сын. Со временем, когда отчества закрепились как наследственные, суффикс -енко перестал означать прямую связь с отцом и стал просто фамильным окончанием.

Сама форма Петруня не была уникальной. В украинской и белорусской традиции имена часто «укорачивали» и добавляли к ним уменьшительные суффиксы: так из Петра появились Петрусь, Петрик, Петруша и Петруня. Интересно, что фамилии с этим корнем встречаются в разных вариациях: Петруненко, Петрунько, Петруняк, Петрушин. Все они восходят к одному источнику — имени Пётр, но каждая ветвь закрепила свою форму в разных регионах.

Правописание фамилии могло колебаться: в документах XIX века встречается и Петруненко, и Петруненко с одной «н», но современная норма закрепила двойную «н» перед суффиксом. Это связано с тем, что основа Петрун- + суффикс -енко дают на стыке две согласные.

Носители фамилии исторически были сосредоточены в центральной Украине, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а также в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. Точных данных о знаменитых однофамильцах, которые могли бы пролить свет на происхождение конкретной ветви, нет — фамилия довольно распространённая, но не элитарная, и её носители в основном были ремесленниками, казаками или крестьянами.